При отступлении были жертвы и среди мирного населения. Так, на станцию были принесены трупы женщины и ее троих детей, в том числе пятимесячного младенца. У одного из мертвых детей разрывной пулей был выворочен весь живот.
14 июня 1918 г. из занятого ранее белыми войсками Ишима выехал направленный сюда для наведения порядка и выполнения других задач штабс-капитан К. Шаркунов. Покидая город, он вывез с собой 7 арестованных членов местного Совета, которых самосудно расстрелял. Штабу 2-го Степного корпуса позднее пришлось оправдываться перед общественностью, указывая на психическую болезнь Шаркунова и то обстоятельство, что его отряд в рядах Западносибирской добровольческой армии не состоит. Само же обещанное расследование ограничилось кратковременным арестом и освобождением по настоянию атамана Б. В. Анненкова.
14 июня 1918 г. войсками чехословацкого корпуса захвачен город Барнаул. На следующий день жертвами расстрелов стали все выжившие члены интернационалистического отряда (венгры). Были также казнены член ревкома Н. Д. Малюков, а также другие члены Барнаульского Совета С. М. Сычев, Н. А. Тихонов, Е. П. Дрокин, Т. А. Тяпин. Взятые в эти дни в плен руководители большевиков, руководитель барнаульского ВРК М. К. Цаплин и И. В. Присягин, были заключены в тюрьму и казнены через два месяца 26 сентября 1918 г. Организатором их убийства был штабс-капитан Авенир Раков.
Впоследствии режим в городе и его окрестностях также характеризовался массовыми расстрелами. Так, были расстреляны 50 человек в селе Карабинка Бийского уезда, 24 крестьянина села Шадрино, 13 фронтовиков в селе Корнилово. Первоначально начальник Барнаульской городской, а затем уездной милиции поручик Леонид Ракин, младший брат коменданта Барнаула Авенира Ракина, прославился тем, что мог за несколько ударов превращать тело жертвы в кусок разбитого мяса. Поручик Гольдович и атаман Бессмертный, действовавшие в Каменском уезде, заставляли своих жертв перед расстрелом, стоя на коленях, петь себе отходную, а девушек и женщин насиловали. В селе Крутиха ими были расстреляны крестьяне за то, что не смогли спеть «Боже, царя храни». Строптивых и непокорных живыми закапывали в землю. Поручик Носковский был известен тем, что умел одним выстрелом убивать нескольких человек.
14 июня 1918 г. произошло успешное антибольшевистское восстание рабочих Кусинского завода. Начавшись во время стихийного митинга у здания Совета, оно переросло в вооруженный мятеж, в результате которого было убито 5 большевиков, в т. ч. зампред совета И. С. Семейкин, и арестовано 30 большевиков Только 23 июня восстание было подавлено Малышевым. Всего, согласно составленному после Гражданской войны именному списку местного Испарта, в ходе восстания было убито 23 большевика.
14 июня 1918 г. донские казаки захватили станицу Великокняжескую. Комендантом станицы был назначен некто Земцов, «который в первую же ночь без суда приказал расстрелять около 20-ти человек, как потом выяснилось, своих личных врагов, в том числе двух георгиевских кавалеров и начальницу гимназии». Характерно, что массовые расстрелы донских казаков происходили в июне и в других станицах. Например, согласно сообщению газеты «Трудовое казачество», в эти дни было расстреляно 45 казаков на хуторе Котлобанском станицы Котовской Хоперского округа за отказ вступить в красновское войско. Хутор сожгли.
15 июня 1918 г. белыми частями занят Ставрополь-на-Волге. В городе убит председатель местного исполкома, левый эсер В. В. Баныкин. По свидетельствам очевидцев, его тело было подвергнуто многочисленным надругательствам. Так, купец Шишикин заставил водовоза два раза проехать по мертвому телу, выбил глаз тростью. Через несколько дней Баныкин был похоронен вместе с остальными убитыми в этот день. Его жена, вернувшаяся после смерти Баныкина в Ставрополь-на-Волге, была арестована и впоследствии будет находиться под стражей вплоть до освобождения города красными войсками 6 октября 1918 г.
16 июня 1918 г. казаками взят под контроль Новоузенск, уездный город Саратовской губернии. Заняв город, казаки провели массовые аресты и расстрелы местных советских работников. На Базарной площади были устроены показательные казни членов исполкома совета, в том числе комиссара, матроса А. Ф. Жидкова, возглавлявшего оборону штаба в центре города, других захваченных в плен красноармейцев. Согласно исследованию профессора Л. И. Футорянского, в Новоузенске было расстреляно 160 сторонников советской власти. В память погибших на центральной городской площади в 1967 г. будет открыт памятник революционерам.
16 июня 1918 г. поражением красных войск закончилось длительное сражение под Мариинском, открывавшее войскам чехословацкого корпуса путь на Красноярск. «40 или 50 венгров, попавших в плен, чехи расстреляли без суда и следствия».
17 июня 1918 г. войсками чехословацкого корпуса захвачен Ачинск. В городе войскам корпуса сдался отряд командующего советским Мариинским фронтом Павла Зверева в 80 штыков. Несмотря на добровольную сдачу, Зверев был расстрелян. В ачинскую тюрьму были посажены десятки человек. Часть из них будет расстреляна позднее. Так, 26 июня в городе были расстреляны 12 человек: председатель отдела Ачинского Совета по городским делам В. Н. Слободчиков и другие местные руководители советского периода. Ряд заключенных проведут в заключении более длительные сроки, но с таким же итогом. Например, в 1919 г. будет расстрелян взятый летом 1918 г. в плен и сидевший в ачинской тюрьме венгерский интернационалист Ференц Киш. Впоследствии, после восстановления советской власти в городе, в городском саду имени В. И. Ленина Ачинска будет благоустроена «Братская могила 44 деятелей Ачинского Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов, расстрелянных колчаковским карательным отрядом в мае и июне 1919 г.».