«В дальнейшем Анненков продолжал кровавые злодеяния. В г. Сергиополе анненковцы расстреляли, изрубили и повесили 80 человек, часть города сожгли, имущество граждан разграбили. В селе Троицком они убили 100 мужчин, 13 женщин, 7 грудных детей, а село сожгли. В селе Никольском анненковцы выпороли 300 человек, расстреляли 30 и 5 повесили; часть села сожгли, скот угнали, имущество граждан разграбили. В селе Знаменка вырезали почти все население». В октябре в деревне Подсосново было расстреляно 18 человек.
Впоследствии Военная коллегия суда над атаманом Анненковым установила, что в Славгородском и Павлодарском уездах анненковцы в этот период по приказу своего атамана убили около 1700 человек.
11 сентября 1918 г. в Самаре происходит суд над 13 вновь арестованными политзаключенными: расстреляно 5 человек – Паршин, Михальский, Юзвяк, Гидаспов и Дерябин.
12 сентября 1918 г. после успешного антисоветского восстания в селе Дуброво Фокинской волости были арестованы 62 жителя села, а также расстреляны местный комиссар, поручик Г. М. Пастухов, И. М. Жуланов, С. М. Жуланов.
13 сентября 1918 г. недавно избранный командующим Сибирской армией генерал П. П. Иванов-Ринов издает второй приказ за своей подписью (первый о введении погонов), направленный против служившего у большевиков офицерства. Приказ разделял «советских» офицеров на предателей и малодушных. Первые подлежали заключению в тюрьму, вторые разжалованию в рядовые строевых частей.
14 сентября 1918 г. на заседании Временного сибирского правительства вводится смертная казнь в военное время и на театре военных действий. Через пять дней военно-полевым судам предоставляется право смертной казни за нарушение особых мер предосторожности, принятых вследствие военных действий или возмущений населения. Еще через несколько дней принимается постановление, согласно которому военно-окружные или прифронтовые военно-полевые суды в дни переживаемой смуты могут подвергать смертной казни за превышение и бездействие власти, за сопротивление распоряжениям правительствам и неповиновение властям. В этот же день принимаются постановления о возможности применения смертной казни за уклонение призываемых в армию от регистрации, за укрывательство дезертиров, за неявку в срок на службу, за членовредительство и т. д.
15 сентября 1918 г. в Баку вошли турецко-мусаватистские войска. Три дня продолжался погром города, в результате которого погибли тысячи жителей, главным образом армянское население. Общая численность погибших оценивается в литературе от 9 до 30000 человек. Так, по данным специальной комиссии Армянского Национального Совета, было убито 5248 бакинских армян и 1500 армянских беженцев из других регионов Кавказа. К этой цифре комиссия добавила 2249 армян, чьи тела были найдены на улицах, но чью личность не удалось установить, и таким образом, общая цифра достигла почти 9 тыс. человек. По мнению американского историка Фируза Каземзаде, эти цифры, несмотря на то, что были собраны Армянским Национальным Советом, учитывая общий ход событий, вполне могут быть обоснованы. В воспоминаниях Б. Байкова упоминалось о нескольких десятках тысяч погибших армян, в том числе о 20 тыс. вывезенных только городскими властями, без учета похорон, устроенных родственниками погибших. Другие источники (на наш взгляд, завышая данные), в частности, советская историческая энциклопедия, приводят более высокие оценки, до 30 тыс. погибших. Для сравнения: в советской периодической печати соответствующего периода, со ссылкой на данные из Владикавказа, сообщалась цифра до 20 тыс. погибших армян и рабочих. При этом данные давались без конкретизации, упоминались лишь отдельные фамилии погибших, например, советский работник Дахадаев.
Отметим, что эти события были связаны как с ходом Гражданской войны и интервенции, так и в силу уже давнего армянско-азербайджанского национального конфликта, выливавшего в массовые эксцессы, как это было ранее в марте 1918 г., но уже по отношению к азербайджанскому населению.
Середина сентября 1918 г. Окончательно подавлено крестьянское мобилизационное восстание в Змеиногорском уезде Алтайской губернии, в котором участвовала 1000 вооруженных крестьян. Особенно пострадал центр восстания – село Шемонаиха и его окрестности. Карательными операциями руководил полковник Войдылло. В селе Шемонаиха после порки населения без разбора 70 арестантов были выведены на кладбище, где их заставили рыть руками могилы. После их расстреляли, раненых дорубая шашками. В Змеиногорске арестованных повстанцев после шомполов кидали в заброшенную шахту. Так же в ходе подавления восстания направленный атаманом Б. В. Анненковым карательный отряд, переодетый специально в крестьянскую одежду, захватил Убинский форпост. После короткого боя белые расстреляли не успевшего сбежать командира красного убинского военного отряда (офицера) и еще 10 убинских крестьян.
18 сентября 1918 г. генерал П. Н. Врангель после занятия станицы Михайловская на Северном Кавказе выдал черкесам «несколько десятков захваченных нами пленных, с тем чтобы их судил аульный суд. Едва я отошел, направляясь с бригадой в станицу Константиновскую, как черкесы набросившись на пленных, тут же на глазах обывателей их перерезали».
18 сентября 1918 г. в Самаре был учрежден «Чрезвычайный суд» из представителей Народной армии и органов юстиции КОМУЧа, чехословаков. Суд собирался по приказу командующего Поволжским фронтом (в этот период – В. О. Каппель). В положении о суде говорилось, что виновные могут быть приговорены к смертной казни за восстание против властей, сопротивление их распоряжениям, нападение на военных, порчу средств связи и дорог, государственную измену, шпионаж, насильственное освобождение арестантов, призыв к уклонению от воинской службы и неподчинение властям, умышленный поджог и разбой, «злонамеренное» распространение ложных слухов, спекуляцию.