Упомянутый «поезд смерти» был отправлен из Самары в Иркутск незадолго до падения города. В нем находилось 2700 арестантов. Во втором эшелоне, который был сформирован в Уфе, было 1503 заключенных. Условия в поездах были очень тяжелые. Численность арестантов за время передвижения в результате голода, холода, болезней и расстрелов значительно сократилась. Так, в самарском поезде до конечного пункта доехало 725 человек, остальные две трети арестантов погибли.
4 октября 1918 г. для предотвращения дальнейшего наступления красных войск чехословацкими минерами были взорваны два пролета Александровского (Сызраньского) моста через Волгу. Согласно сообщению красной периодики, предварительно на место взрыва белогвардейцы привезли вагон с пленными красноармейцами, взорвав мост вместе с ними.
4 октября 1918 г. белыми войсками вместе с чешскими легионерами взят Нижний Тагил. Первоначально комендантом города был поручик 8-го чехословацкого полка Штичка. Уже при первом коменданте в городе и окрестностях производились массовые расстрелы. С января 1919 г. эту должность занял подпоручик 25-го Екатерининского полка Василий Михайлович Зотов. В течение трех месяцев Зотов производил самосудные расстрелы в городе. Так, специальное расследование белыми органами власти тагильской комендатуры в 1919 г. показало, что в деле 80 тагильчан, расстрелянных по подозрению в принадлежности к красным, не содержалось никаких реальных доказательств их вины. Причем в этом случае последствий не было. Однако другие аналогичные случаи злоупотребления властью подпоручика Зотова были настолько вопиющими, что 10 мая 1919 г. чешский генерал Р. Гайда утвердил приговор о присуждении его к 20 годам каторги. Однако белая практика либерального отношения к подобным преступлениям вскоре опять проявилась. «А через несколько дней… Зотов разъезжал на лихачах по городу и весело разъяснял знакомым, что ему теперь некогда идти на каторгу, теперь – война, ему надо на фронт. А вот кончится война, тогда он и пойдет на каторгу».
Многочисленные свидетельства фиксируют в Нижнем Тагиле пытки заключенных тюрьмы (обычный состав 300 человек, но быстро «обновляющийся») лично Зотовом и его подчиненными. Деятельность комендантского отряда так описывалась Григорием Быковым: «Мне часто доводилось подолгу просиживать в коридоре, ожидая выхода коменданта. Сидишь, потихоньку смотришь, видишь страшные вещи. Дружинники вдруг начнут торопиться, бегать книзу, в подвал. Оттуда доносятся стоны, крик, рев. Потом оттуда проводят по коридору рабочего в промасленной блузе, руки связанные. Дружинники смеются: «Его благородие подбавит еще тебе!». Двери подвала отворялись во двор. Из подвала выводили рабочих, мужчин и женщин, избитых, заплаканных, затуманенных, и вели их, зачем – не знаю, к «его благородию». У двери валялись окровавленные поленья».
По официальным советским данным, в Нижнетагильском и Надеждинском районах от рук колчаковцев пострадало свыше 10 тыс. человек. Среди расстрелянных в Нижнем Тагиле были комиссар народного просвещения Н. В. Попов, 15-летний рабочий депо А. К. Паклин, красноармейцы Н. И. Коновалов, В. И. Ефременков, С. В. Климцев и многие другие. Ожесточение обращалось даже против мертвых большевиков – их могилы были разорены. В дальнейшем тагильские расстрелы попали даже в художественную литературу, так, у одного из героев повести Е. Носова «Усвятские шлемоносцы» белоказаки арестовали в депо отца (вместе с семью другими железнодорожниками), а затем заперли в пустой вагон и всех сожгли. Все эти расстрелы шли помимо официальной гражданской власти, протесты которой игнорировались.
Схожей практика была и на соседней территории. Так, в Верхотурском районе было расстреляно 138 человек.
В начале октября 1918 г. в Никольске-Уссурийском атаманом И. П. Калмыковым была разогнана городская дума, при этом арестованы заместитель городского головы Ф. С. Лапин, член городской управы Кочетков, гласный Баканев. Несмотря на неприятие этих действий правительством П. В. Вологодского, Ф. С. Лапин до 23 ноября 1918 г. содержался в городской тюрьме, а затем был переведен в тюрьму отряда И. П. Калмыкова. 27 ноября он был отправлен в Хабаровск, но в пути убит. Это был не единственный случай «конфликтов» Калмыкова с местными городскими властями. Всего калмыковцами за то время, пока они находились в Никольске-Уссурийском, были расстреляны без суда и следствия четверо гласных городской думы.
В начале октября 1918 г. чехами расстрелян помощник начальника железнодорожной станции Липяги Буданов, дорожный мастер Иванов, стрелочник Соболев, участвовавший во взрыве моста у Жигулей, с целью преградить путь чехам при их наступлении.
5 октября 1918 г. донские казаки атамана П. Н. Краснова овладели городом Бутурлиновка. Согласно краеведческим материалам, в городе на местном кладбище будет расстреляно около 30 человек. Расправы также происходили в близлежащих селах Березовке, Воробьевке и Филлипово.
5 октября 1918 г. в Самаре опубликован приказ коменданта города В. Ребенды: «Немедленному расстрелу подлежат виновные в подстрекательстве к мятежу, уклоняющиеся от воинской повинности и от участия в военных действиях, не исполняющие приказов и распоряжений военной власти, распространяющие ложные слухи и т. п. Запрещены всякие собрания, совещания и митинги». Как правило, слово Ребенды редко расходилось с делом. «Из подвалов Ребенды, из вагонов чехословацкой контрразведки редко кто выходил… В нашем штабе охранки официально арестованных было очень немного, но я знаю, что имели место словесные доклады начальника охраны Климушкина о том, что за истекшую ночь было ликвидировано собрание большевиков, ликвидирован заговор или обнаруженный склад оружия. В результате этих «ликвидаций» арестованных не прибавлялось, а если вопрос задавался, то получался ответ, что было оказано сопротивление и «в результате перестрелки все участники были убиты». В то же самое время с «нашей» стороны не было даже раненых… Ни разу не была сделана попытка поставить какое-либо дело перед судом. Число «ликвидаций» все более и более возрастало; число «выведенных в расстрел», «оказавших сопротивление» было все больше и больше».