2 июня 1918 г. подразделениями чехословацкого корпуса захвачен город Курган. Под Курганом войсками чехословацкого корпуса было повешено 13 рабочих и 500 арестовано, что подтверждали перехваченные белые телеграммы. Из города удалось вырваться красному отряду под руководством Д. Е. Пичугина. Однако через несколько дней отряд Пичугина был разбит, а сам он захвачен в плен и расстрелян 23 июня 1918 г. между деревнями Кошкино и Белый Яр Белозерского района.
3 июня 1918 г., согласно воспоминаниям будущего маршала В. И. Чуйкова, мимо него по реке Кама проплыло два плота с виселицами. На первом было четверо повешенных, на втором пять.
3 июня 1918 г. чехословацким подразделением на разъезде Кабаклы был перехвачен паровоз, выехавший от станции Татарской для связи с барабинскими красногвардейцами. Машиниста поезда коммуниста В. И. Гжегоржевского (до января 1918 г. член Барабинского совжелдепа, позднее комиссар отдела Омской железной дороги), а также рабочего барабинского депо, красногвардейца Иванова, нескольких других красногвардейцев, включая двух венгров, после допроса расстреляли в трех километрах от разъезда. Следует отметить, что массовые белые расстрелы в этих местах фиксировались и позднее. Например, зимой 1919–1920 г., когда на станции Барабинск происходили массовые казни заключенных.
4 июня 1918 г. после кратковременного боя в местечке Русские Липяги (сейчас Новокуйбышевск), в 10–12 км к юго-западу от Самары, было расстреляно 70 раненых красноармейцев, а общее количество погибших, существенная часть – после боя, составляла около 1300 красноармейцев. Эти данные подтверждаются издававшейся в Самаре в период правления КОМУЧа газетой: «Около станции Липяги приступлено к похоронам убитых в бою под Липягами красноармейцев. Всего по 14 июня схоронено 1300 человек. Похороны продолжаются. Предстоит убрать трупы с берега р. Свинухи и в воде разлива р. Самарки». Среди уничтоженных были 8 заживо сожженных красноармейцев, которые пытались спрятаться в печь для обжига кирпичей. Впоследствии в трубу печи (сама печь не сохранится) будет вмурована памятная мемориальная доска. После этого боя для легионеров был открыт путь на Самару.
6–7 июня 1918 г. состоялся десант советских войск в районе Таганрога против германских войск. К 13 июня 1918 г десант был практически уничтожен. Из 8 тысяч вернулось не более 2 тысяч. Оставшиеся были разгромлены. Отдельные группы пытались скрыться в селах и оврагах, но были уничтожены. Так, только около села Бацманово было расстреляно свыше 1000 красноармейцев. На июнь приходились и многие другие случаи карательных акций оккупационных войск, направленных против повстанцев на Украине. Только одним карательным криворожским австро-венгерским отрядом было расстреляно около 40 человек.
7 июня 1918 г. – войска чехословацкого корпуса совместно с отрядом атамана И. Н. Красильникова заняли Омск. Согласно архивным данным ГА ОО, уже 7 июня появились группы военных и гражданских лиц, арестовывающие красноармейцев, красногвардейцев, большевиков и просто сочувствующих Советской власти. Конюшни губернаторского дворца, подвалы, концлагеря были забиты арестованными.
О массовых арестах с первого дня захвата Омска упоминает и современное омское официальное историческое издание. Согласно ему большинство арестованных было направлено в концлагерь, расположенный на территории Западно-Сибирской выставки (до прихода белых в бывших павильонах выставки содержались военнопленные). Сюда были посажены сотни красногвардейцев, участвовавших в обороне Омска, не успевшие эвакуироваться большевики и члены их семей.
По воспоминаниям писателя Ф. А. Березовского, «концентрационный лагерь был обнесен высоким забором, а сверх него еще колючей проволокой. Кроме того, внутри бараков тоже были сделаны перегородки из колючей проволоки. Повсюду была страшная грязь, воздух напитан невыносимым зловонием. Жажда свежего воздуха была настолько сильна, что у форточек выстраивались очереди заключенных. …вокруг лагеря стояли сторожевые вышки с пулеметами. По ночам лагерь освещался сильными прожекторами; на территорию его выпускались дрессированные собаки. Охрана в лагере помещалась в одном из бараков. День и ночь у дверей каждого барака стояли часовые из белоказачьих отрядов атаманов Красильникова и Анненкова…
По ночам из лагеря в фургонах или в открытых повозках навалом вывозились трупы людей, погибших от недоедания и болезней». Посвящены положению красных военнопленных в омском лагере и отдельные исторические работы, одной из первых которых стала статья В. Д. Вегмана, в которой он указывал о массовых случаях смерти, в т. ч. от тифа и недоедания.
Происходили в Омске в эти дни и расправы над советскими работниками, явными большевиками и подозрительными жителями. Количество омских жертв в июньские дни сложно установить, так как никакой официальной статистики не велось. Поэтому в исследованиях приводятся различные цифры: от единичных самосудных расстрелов до нескольких сот человек. Так, в омском исследовании М. И. Вторушина указывается, что «в Омске белочехи и белогвардейцы в первые дни мятежа июня 1918 г. казнили без суда до семисот человек». Также можно указать на советское исследование д.и.н. М. М. Шорникова, в котором он указывал, что только по официальным данным в городе было арестовано 3 тысячи человек.
8 июня 1918 г. отрядом чехословацкого корпуса при поддержке местного подполья была захвачена Самара, которая стала политическим центром антисоветского движения на Востоке России летом-осенью 1918 г. Образованное здесь правительство (Комитет членов Учредительного собрания – КОМУЧ – во главе с эсером В. К. Вольским, И. М. Брушвитом, П. Д. Климушкиным, И. П. Нестеровым и Б. К. Фортунатовым) декларировало восстановление основных демократических свобод, разрешило деятельность рабочих и крестьянских съездов, фабзавкомов, установило 8-часовой рабочий день (с 4 сентября 1918 г.) и приняло Красный государственный флаг.