Между тем установившийся режим в городе сложно было назвать демократическим. После взятия 8 июня Самары войсками чехословацкого корпуса и местными «добровольцами» из числа жителей города было расстреляно 100 красноармейцев и 50 рабочих. «Красные почти не оказывали сопротивления: убегали по улицам или прятались по дворам. Жители, высыпавшие из домов, выволакивали красных и передавали чехам с разными пояснениями. Некоторых чехи тут же пристреливали, предварительно приказав: «Беги!» – вспоминал полковник В. О. Вырыпаев. В городе зверски были убиты председатель ревтрибунала Ф. И. Венцек (согласно воспоминаниям Н. Л. Минкиной, прежде чем его стали избивать, с него предварительно сняли сапоги), заведующий жилищным отделом горисполкома большевик И. И. Штыркин и другие советские руководители. В самарском издании 1929 г. приведены некоторые примеры расправ в городе: «В соборном саду убит организатор красноармейских отрядов Шульц. У здания Окр. Суда чехами расстрелян выданный толпой член мусульманск. КГІ Аббас Алеев (согласно воспоминанию А. Бешенковского, у здания окружного суда его голову рассек шашкой офицер. – И.Р.). По настоянию мешочников пристрелен на уг. Предтеченской и Николаевской ул. председ. контрольно-реквизиционного бюро П. М. Шадрин. На. уг. Панской и Шихобаловской ул. убит разрывной пулей в затылок слесарь А. С. Конихин, популярный пролетарский поэт, за отказ сдать чехам оружие. На вокзале убит не давший себя разоружить уфимский комиссар по реквизиции хлеба и скота. На уг. Заводской и Садовой расстреляна женщина – красноармеец Вагнер, латышка, быв. служащая Средне-Волжск. союза, за сопротивление при сдаче оружия (согласно воспоминанием Минкиной, с одетой в мужскую одежду латышки сорвали все белье. – И.Р.). Возле клуба РКП(б) убит юноша-коммунист Длуголенский. В гостинице «Националь» расстреляны военный комиссар Елагин и неизвестный. Избит и расстрелян чехами комендант пристаней «Кавказ» и «Меркурий». Чехами убит лежавший в ж.-д. госпитале дружинник ж.-д. дружины Желябов. При попытке оказать помощь раненому красноармейцу чехами застрелен рабочий П. Д. Романов, старый член п. с.-р. Расстрелы продолжились и в последующие дни после занятия Самары. Всего в городе в первые дни после его захвата было убито не менее 300 человек.
Данные цифры встречаются и в воспоминаниях А. С. Бешенковского, скрывавшегося в эти дни от белого террора в Самаре. Согласно его воспоминаниям, на берегу реки Самары было расстреляно более 100 пленных красноармейцев, на плашкоутном мосту – до 20 красноармейцев. Всего, по его данным, за первые два дня было расстреляно и растерзано более 300 человек. Эти данные детализированы в «Хронике событий» В. Троцкого: «Чехами в районе Самарки взято в плен около 100 разоруженных красноармейцев. При появлении чехословаков их первым вопросом было: «где красноармейцы»? Несколько обнаруженных в районе Заводской и др. улиц во дворах укрывавшихся красноармейцев были расстреляны на месте. В течение всего дня по улицам водили пойманных красноармейцев на расстрел; особенно жестоко расправлялись чехи со своими «чехоизменниками» (т. е. чехами – коммунистами и красноармейцами). В 9 час. утра на Плашкоутном мосту расстреляно 13 красноармейцев; в 4 час. на Николаевской ул. расстреляны 4 по указанию кого-то из толпы: в 11 час. веч. расстреляны 6 военнопленных. Среди убитых красноармейцев: Т. Бергеевич, Голубев, Семенов, Лобоцат, Рейнгольд, Шейтер, Добросолец, Марковский, Кузьмин, Масальский. Многие случаи расстрелов остались незафиксированными». «Арестованных подвергали селекции не только по партийному, социальному, но и по национальному признаку. Очевидцы так описывали разборки во время вступления чехов в Самару 8 июня 1918 г.: «Партию за партией вели чехи пленных (с Волги) по ул. Л. Толстого к Самарке через вокзал… пленных мадьяр и латышей отделяли от русских. Я спросил чеха, для чего это делают, он самодовольно ответил: «Русских мы не расстреливаем, ибо они обмануты большевиками, а латышей, мадьяр и комиссаров не щадим».
Также среди жертв оказались рабочие-коммунисты Е. И. Бахмутов, И. Г. Тезиков, работник по формированию частей Красной армии Шульц, и многие другие люди.
Известен и расстрел 16 женщин из 37 арестованных, виновных лишь в том, что они захоронили выброшенные Волгой трупы расстрелянных. Остальные женщины избежали этой участи только благодаря побегу, при котором погибло еще 7 женщин. Существенная часть репрессий, в эти и последующие дни, была направлена на рабочее население города, особенно находившееся под влиянием большевиков. 6 июля 1918 г. в Самаре разогнано собрание железнодорожников, при этом 20 человек было расстреляно.
Значительным в городе было и количество арестованных. К 15 июня, т. е. за неделю, число заключенных в Самаре достигло 1680 человек, а к началу августа уже более 2 тысяч. И это при том, что из Самары была вывезена значительная часть арестованных, и в августе их было в Бузулуке свыше 500, в Хвалынске – 700, в Сызрани – 600 человек. Данные сведения подтверждаются материалами проходившей в эти дни в Самаре рабочей конференции, на которой 14 июня Ф. Я. Рабиновичем было заявлено, что количество арестованных в городе превышает 1500 человек, большинство из них по ложным обвинениям. При этом на следующий день в Самару пригнали новую партию пленных красноармейцев, захваченных у Красной Глинки.
Часть свидетельств происходившего в городе белого террора была собрана в специальном осеннем выпуске газеты «Приволжская правда». Цифры, приведенные там, были гораздо выше летних сведений. По данным газеты, за лето – осень 1918 г. в Самаре и Сызрани было расстреляно более тысячи человек в каждом из этих городов. В сообщении другой советской газеты говорилось, что расстрелы в Сызрани происходили сотнями, если не тысячами. Впрочем, эти цифры следует оценивать осторожно, так, в Сызрани за этот период было расстреляно хотя и значительно больше 200 человек, но явно менее 1000 указанных лиц в газетном выпуске. Самарские же показатели можно считать более близкими к истине.